Al llarg dels segles el fons documental de l’arxiu ha sofert nombroses pèrdues, com per exemple la manca de nombrosa documentació anterior al segle IV a causa de les condicions de conservació, o bé la pèrdua de documents que va suposar el moviment del papat a Avinyó durant el segle XIV, ja que va implicar el trasllat de l’arxiu. Així mateix, a causa de l’espoli que va comportar la invasió napoleònica, el trasllat d’uns 200.000 documents a París i el retorn parcial –prèviament seleccionat– dels documents, es van perdre gran quantitat de documents, sobretot relatius a la Inquisició.
No existeix encara un catàleg informatitzat de l’arxiu, sinó únicament un fitxer general conegut com a “Schedario Garampi” que conté unes 800.000 fitxes. L’arxiu s’organitza per diòcesis, ordenades alfabèticament, i conté documents (privilegi, litera, bula, breu) emesos per la cancelleria vaticana, així com les peticions, anomenades “súpliques”, que a partir dels segles XII i XIII els fidels adreçaven per escrit al papat. Segons la Dra. Pavón, el registre de súpliques és un dels més interessants de l’arxiu i un dels menys estudiats.
Entre els mesos de març i setembre de 2012 es duu a terme al Vaticà l’exposició Lux in arcana, centrada en la història i el fons documental de l’Arxiu Secret Vaticà.
Georgina Rabassó